Diskutován byl způsob opravy: provizorní nebo definitivní. Pozice Dopravního podniku byla v této otázce jasná. Provizorní oprava je prakticky neproveditelná, materiálově nezajištěná, navíc s minimální až nulovou trvanlivostí. Na definitivní rekonstrukci má Dopravní podnik od léta připraven materiál, zejména přesně naohýbané kolejnice NT1. Rekonstruovaný úsek o délce cca 300 metrů bude na betonové desce s živičným povrchem, nikoliv tedy na velkoplošných panelech s blokovou kolejnicí jako je tomu od roku 1982 dosud. Zároveň budou zrekonstruovány inženýrské sítě, konkrétně plynovod a vodovod. Rovněž bude výrazně vylepšena cyklistická stezka.
Provoz tramvají i automobilů ve Vyšehradském tunelu bude obnoven s ukončením denního provozu dne 30. listopadu 2008, tedy po čtyřech týdnech. Termín využívá relativně slabší automobilový provoz v listopadu před jeho zesílením způsobeném vánočními nákupy a dalšími prosincovými aktivitami.
Důležité je, že Vyšehradský tunel zůstane po celou dobu rekonstrukce přístupný chodcům, protože chodník uzavřen nebude. Zřejmě dojde i k většímu nárůstu počtu cyklistů, kteří Vyšehradským tunelem své kolo povedou.
Přijatá dopravní opatření v městské hromadné dopravě budou poměrně rozsáhlá:
Tramvaje
Linka 3 pojede po své pravidelné trase z Lehovce až na Výtoň, kde se automaticky změní její linkové označení na číslo 16 a bude pokračovat přes Albertov na Botanickou zahradu, Karlovo náměstí a dále na Spojovací jako linka č. 16. V opačném směru jízdy se na Výtoni změní linkové označení zpět na linku číslo 3.
Linka 17 pojede po své pravidelné trase ze Sídliště Ďáblice až na Výtoň, odkud bude odkloněna přes Albertov, Náměstí bratří Synků a Pražského povstání k vozovně Pankrác. V zastávce Pražského povstání bude přestupní vazba na náhradní autobusovou dopravu X17 směr Podolská vodárna.
Linka 21 bude jezdit v nepřetržitém provozu mezi Sídlištěm Modřany a Podolskou vodárnou. Bude možno z ní přestupovat v zastávce Poliklinika Modřany na posílené linky 150 a 253, v zastávce Pobřežní cesta opět na posílenou linku 253, v zastávce Dvorce na zavedenou posilovou linku 728 směřující na Budějovickou a přívoz P3 jehož sezónní provoz bude prodloužen o celý listopad 2008. V konečné zastávce Podolská vodárna budou moci cestující přestoupit na náhradní lodní dopravu X21 směr Výtoň (v nově vybudované zastávce na Podolském nábřeží) nebo na již zmíněný autobus X17 směr Pražského povstání (v zastávce v Podolské ulici).
Noční tramvajová linka 52 pojede z Výtoně stejně jako linka 17 k vozovně Pankrác s přestupem na náhradní autobusovou dopravu X17 na zastávce Pražského povstání.
Autobusy
Zvláštní linka X17 bude spojovat stanice Pražského povstání a Podolská vodárna, zastávky budou společné s linkou 148. Další zvláštní linka 728 bude spojovat zastávky Dvorce a Budějovická, nástupní zastávky na Dvorcích i Budějovické budou shodné se zastávkami linky 118.
Linka 150 bude posílena tím způsobem, že na ní budou jezdit velkokapacitní kloubové vozy místo vozů standardních.
Linka 253 bude rovněž posílena, a to zavedením vložených spojů ve směru Poliklinika Modřany – Smíchovské nádraží v ranní špičce pracovního dne a v ostatních obdobích provozního dne včetně sobot a nedělích bude posílená v celé trase.
Lodní doprava
Prakticky všichni pamětníci předchozích rekonstrukcí Vyšehradského tunelu, které se uskutečnily v letech 1975 a 1982, si vzpomínají na náhradní lodní dopravu Výtoň – Podolská vodárna. Toto netradiční řešení bude použito i při letošní rekonstrukci. Velkokapacitní motorové lodě budou plout každý den od 6 do 22 hodin mezi přístavišti Výtoň a Podolská vodárna. Obě přístaviště jsou velmi blízko od tramvajových zastávek. Linka bude označena jako X21 a bude na ní platit běžný tarif Pražské integrované dopravy. Lodě budou vybaveny standardními označovači jízdenek. Cestující musí dbát pokynů pracovníků organizující pohyb v obou přestupních uzlech. Respektováním všech pokynů bude umožněn plynulý odchod a příchod lodních cestujících, což umožní zkrátit pobyt lodí v přístavištích a tím dosáhnout ve špičkách pracovních dní co možná nejkratší interval. V případě extrémní mlhy lodě nebudou v provozu, o čemž budou cestující v tramvajích včas informováni.
V souvislosti s uzavřením Vyšehradského tunelu bude rovněž rozšířen provoz lodní linky P3 Dvorce – Lihovar. Sezónní provoz této linky nebude ukončen již na konci října, ale až na konci listopadu 2008.
Automobilová doprava
Vzhledem k úplné uzávěře Vyšehradského tunelu pro automobily lze očekávat výrazné dopravní problémy pro automobilovou dopravu. Dopravní podnik řidičům doporučuje opustit pravobřežní komunikaci ve směru od Modřan co možná nejdříve, tj. již u Barrandovského mostu a Jižní spojky. I přes trvalé přetížení těchto komunikací jde o nejrozumnější variantu. Další možnost je použít Jeremenkovu ulici, ale i v ní se očekávají dopravní problémy. Motoristé, kteří budou pokračovat po Podolském nábřeží dále do centra budou odkloněni vpravo do ulice Na dolinách směrem na náměstí Hrdinů. Zejména v prvních dnech lze rovněž očekávat závažné dopravní problémy v této ulici. V celé oblasti bude preferován provoz městské hromadné dopravy.