V ranní špičce směrem do centra Prahy jezdí tyto vlaky v půlhodinovém intervalu (což spolu se spoji linky S2 a S20, které jezdí vždy po půl hodině, vytváří zhruba patnáctiminutový interval), v ostatních případech je možné tuto nabídku využít každou hodinu. Cestovní doba do centra Prahy je u většiny vlaků 16 minut, což je bezkonkurenční hodnota v porovnání s autobusem a následným přestupem na metro (cestovní doba cca 30 minut).
Na rozdíl od vlaků linek S2 a S20 nejezdí spoje linky S9 na Masarykovo nádraží, ale na Hlavní nádraží, odkud dále pokračují ve směru Praha-Uhříněves, Strančice, Čerčany a Benešov u Prahy. V drtivé většině jsou vlaky vedeny nízkopodlažními plně klimatizovanými jednotkami řady 471 CityElefant, v průběhu letošního roku budou na tyto spoje nasazovány již pouze moderní soupravy.
Pro zvýšení komfortu nástupu a výstupu cestujících bylo v nedávné době v železniční stanici Praha-Horní Počernice vybudováno nové ostrovní nástupiště s nástupištní hranou ve výšce 550 mm nad temenem kolejnice, tedy ve výšce podlahy nízkopodlažních vozidel, což zásadním způsobem zvýší pohodlí a bezpečnost nástupu cestujících do vlaku. V letošním roce bude na toto nástupiště vybudován bezpečný a také bezbariérový přístup podchodem.
V blízkosti stanice Horní Počernice se nachází autobusová zastávka Nádraží Horní Počernice, kde zastavuje řada příměstských i městských autobusových linek. Z nich jmenujme především midibusovou linku 296, která obsluhuje některé hůře dostupné lokality Horních Počernic, zejména v oblasti Chval a umožňuje pohodlné spojení s Prahou 10. Navíc má zastávku přímo před nádražím a časové polohy linky 296 jsou nastaveny tak, aby navazovala na vlaky v obou směrech.
