„Ačkoliv již téměř 20 let máme možnost o všem otevřeně hovořit a diskutovat, nejsme si vždy sami jistí, co v naší historii bylo správně a co ne. Klišé, mýty a zažité polopravdy minulého režimu přežívají a fakticky nám stále brání podívat se na historii otevřenýma očima s jasnou myslí. I tento fakt přispěl k myšlence na zřízení školy, která se ve větším rozsahu zabývá právě novodobými dějinami, událostmi, jejichž odkaz je stále živý,“ řekla náměstkyně pražského primátora pro oblast školství Marie Kousalíková a dodala: „Vaše škola nese jméno ženy, která má naší současnosti stále co říci a je krystalicky čistým příkladem lidské odvahy a statečnosti. Příkladem protinacistického a protikomunistického odboje, díky kterému dnes žijeme ve svobodném státě svobodných lidí. A to pro vás, studenty, i pro vaše učitele, znamená velký závazek.“ Gymnázium Milady Horákové bylo rozhodnutím Rady hlavního města Prahy zřízeno zřídit k 1. 1. 2009. V lednu a únoru 2009 uspořádalo nově zřízené gymnázium první dny otevřených dveří a ředitel školy vyhlásil přijímací řízení do 1. ročníků pro školní rok 2009/2010. V září nastoupilo ke studiu prvních ročníků 58 studentů.
Slavnostního aktu imatrikulace se kromě náměstkyně primátora hlavního města Prahy pro oblast školství Marie Kousalíkové zúčastnili také zástupci Klubu dr. Milady Horákové, Konfederace politických vězňů, členové profesorského sboru gymnázia a rodiče studentů.
Nejzřetelnějším rysem nového gymnázia je jeho výrazná orientace na problematiku tzv. „paměti národa“ a na odkaz našich novodobých dějin. Proto vedení školy velmi úzce spolupracuje s Konfederací politických vězňů a Klubem dr. Milady Horákové, který má v areálu gymnázia své sídlo. Cílem školy je, aby se gymnázium stalo celostátně významným centrem pro předávání odkazu moderních českých dějin dalším generacím. To je jeden z důvodů, proč nová škola nese čestný název „Gymnázium Milady Horákové“. S tímto čestným názvem vyslovila svůj vřelý souhlas i dcera dr. Milady Horákové paní Jana Kánská, která v současné době žije v USA.